Er wurde als drittes von elf Kindern am 26. April 1741 in Purgstall an der Erlauf geboren. Sein Vater war dort von 1736 bis 1787 Lehrer und Organist. Wie sein jüngerer Bruder Johann Michael, der als Chorherr mit Ordensnamen Ubald im Stift Herzogenburg lebte und dort Regenschori war, wird er seine erste musikalische Ausbildung im Elternhaus erhalten haben.

Auf der Abschrift einer seiner Kompositionen wird Krottendorfer als "Organista Ducumburgensis" bezeichnet. Für diese Tätigkeit in Herzogenburg kommen nur die Jahre vor 1766 in Frage. Möglich wäre auch, dass er die für die damalige Zeit bezeugte Stelle eines Tenoristen bekam. Leider fehlen für diesen Zeitraum das Besoldungsbuch des Stiftes und andere archivalische Quellen, aus denen sich ein sicherer Nachweis erbringen ließe. Man kann annehmen, dass er seine musikalische Ausbildung als Organist, Geiger und Sänger bei Georg Donberger erhalten hat. 1766 wurde Joseph Krottendorfer Kammermusiker am kaiserlichen Hof und 1772 bekommt er unter dem neuen Hofkapellmeister Florian Leopold Gassmann die Stelle eines Tenoristen an der Hofkapelle mit einem Einkommen von 300 Gulden.

Er gehörte der "Tonkünstler-Sozietät" zur Unterstützung der Angehörigen verstorbener Musikerkollegen an, zeitweilig auch als Vorstandsmitglied, trat in den musikalischen Akademien der Vereinigung auf und spielte gelegentlich mit Kaiser Joseph II. Kammermusik.

Mit 57 Jahren stirbt er am 10. April 1798 an "Brand":

Seine vor allem in Niederösterreich zahlreich verbreiteten und erhaltenen Kompositionen umfassen alle Gattungen der Kirchenmusik.

Ulrich Mauterer CanReg, Musikarchivar des Stiftes Herzogenurg